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鹰嘴龟肠胃炎治疗最好是先进行换水，并将温度稳定在28度以上，并口服庆大霉素。土霉素对鹰嘴龟肠胃炎也有消炎作用，可以适当喂点，黄连素和氯霉素也可以尝试。如果鹰嘴龟的泡澡和喂药都没用，病情还变严重，可以采用皮下注射。
通常注射氯霉素或拜有利。这里比较推荐拜有利。不过需要慎重，任何注射都可能导致爱龟死亡。药量根据鹰嘴龟的体重计算，进行皮下注射，每公斤体重4万-5万单位，连续注射2-3天。同时要保持环境温度稳定，应将温度保持在22℃以上，并且要注意保持水质清洁。等胃肠功能恢复了再逐渐饲喂易消化食物，最后过度到正常饮食。
胃肠炎是鹰嘴龟中常见疾病，患肠炎病的病龟起初精神不振，食欲减少，粪便不成形，患病轻微的便中有少量黏液或粪便稀软，呈黄色、绿色或深绿色，龟吃食少；严重时呈蛋清状，黑色或生猪肝色。通常龟类肠胃炎会伴随肠道菌群失衡原虫和寄生虫大规模爆发，体现为白色或鲜绿色大便。酸碱度检验呈强碱性，并往往拒绝进食。
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