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密西西比地图龟公母排泄孔的位置有区别，雄龟的排泄孔位置比较接近尾巴，雌龟的排泄孔离尾巴则会远一些，它们的腹甲也是有区别的，雄龟的腹甲上有比较明显的凹陷，而雌龟的腹甲上则没有凹陷的部分。
雄龟和雌龟的外观方面有比较大的差异。尤其是是它们的尾巴，雄龟的尾巴会比较粗大，但雌龟的尾巴则相对来说细短一些。
再者，它们的排泄孔位置有差异，雄龟的排泄孔位置比较接近尾巴，雌龟的排泄孔离尾巴则会远一些。
它们的腹甲也是有区别的，雄龟的腹甲上有比较明显的凹陷，而雌龟的腹甲上则没有凹陷的部分。
从体型方面来说，雌龟和雄龟的差异也是比较大的。不过若是从这个方面比较，需要用年龄相同的地图龟。雌龟的体型会比雄龟的体型大一些，尤其是在成年之后，雌龟的长度可在25厘米左右，但雄龟的长度只在15厘米左右，比较容易判断。
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