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一般分辨巨蛇颈龟的雌雄，最好是在巨蛇颈龟逐步长大，或者性成熟时，这个时候分辨巨蛇颈龟的雌雄能更为准确。巨蛇颈龟正确分辨雌雄可以从以下几个方面观察。
1、首先我们可以从体型方面来看，一般同年份的成年雌巨蛇颈龟比雄巨蛇颈龟大。
2、其次是雄巨蛇颈龟腹甲中央凹陷，肛盾缺刻较深，尾长，泄殖腔孔距背甲较远。
3、还可以看腹甲，雌巨蛇颈龟的腹甲平坦，而雄巨蛇颈龟的腹甲有轻微凹陷。
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