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加拉帕戈斯象龟没有灭绝，但现在数量已经很少了，在达尔文初到加拉帕戈斯群岛时，加拉帕戈斯象龟的数量大约有二十五万只，至1996年只剩下一万五千只。数量剧降的最主要原因是18至19世纪的捕鲸者及海盗经常捕捉象龟作为在船上的粮食。为了保护这些珍贵的物种，加拉帕戈斯国家公园服务系统扑杀岛上的野生食肉动物和竞争者，清除岛屿上破坏植被的山羊。
加拉帕戈斯象龟的所有物种都是通过水上传播从南美洲大陆到达的共同祖先进化而来的。基因研究表明，阿根廷和巴拉圭的阿根廷象龟是它们在世的近亲。
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