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红头蛇颈龟雌雄辨别有很多方式,譬如雌性龟泄殖孔距腹甲后缘较近,且泄殖孔位于腹甲以内,孔形圆形。雄龟则泄殖孔距腹甲后缘较远,泄殖孔位于腹甲以外,孔形长形。

其次雌性龟腹甲平坦中央无凹陷,腹甲的2块肛盾形成的缺刻较浅,缺刻角度较大。雄性龟则腹甲中央略微向内陷,腹甲的2块肛盾形成的缺刻较深,缺刻角度较小。
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