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黄头庙龟的性别分辨大都依据它们尾巴和腹甲的形态差异来进行区分。在正常情况下，雌龟的尾巴是比较偏短的，而且会比较细；雄龟的尾巴则比较长且粗，这种特征在它们慢慢长大之后会更加明显。
另一种方法就是观察它们腹甲的形态，雌龟的腹甲是比较平坦的，而且它的腹甲后缘与肛门的距离很近；雄龟的腹甲中心则是偏凹的，它的腹甲后缘与肛门的距离则比较远。
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