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在果核龟的年龄还比较小的时候，也就是处于龟苗阶段的时候，一般来说是无法区分公母的。在它们长大一些之后，尤其是处于成年阶段的时候，则可以通过看它们的体型来区分。一般情况下，对于年龄相同的果核龟来说，体型大的是母龟，体型小的是公龟。
还可以通过它们的尾巴来区分。可以看尾巴的粗细，尾巴的基部粗的是母龟，尾巴的基部较细的是公龟;还可以看尾巴的长度，尾巴较长的是公龟，短的则是母龟。
另外，公龟和母龟的背壳颜色也会有一定的差异。刚开始的时候可能不太明显，在它们长大之后就比较容易观察出来了。一般来说，公龟的背壳颜色会稍微深一些，母龟的背壳颜色较浅。
可以观察它们的肚皮。若是上面有凹陷的部分，则是公龟;反之则是母龟。
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