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鳄龟一般要在体重1千克以上才能分辨出公或母。具体分辨方法如下：首先，鳄龟公的尾巴一般长且粗，鳄龟母的尾巴一般短且细。其次，鳄龟公的泄殖孔距腹甲较远，鳄龟母的泄殖孔距腹甲较近。再者，鳄龟公有时会露出阴茎，鳄龟母则无此特征。
观察它的尾部，雄龟的雌龟的肛门所在的位置不一样，雄龟的肛门距离尾巴要较远，雌龟的肛门距离尾巴要较近。其次，雄龟和雌龟尾巴的长短和粗细也不一样，雄龟的尾巴又粗又长，雌龟的尾巴短而细。
雄龟的前爪指甲较长，尾巴较粗长，泄殖孔离身体较远，腹甲向内微凹。反之则为雌龟。雄龟的腹甲略为凹陷;雌龟腹甲是平的。
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