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拟鳄龟的繁殖是在每年4-9月份。雄龟体较大，有较长的尾，其长度是腹甲长度的86%，且泄殖腔孔位于背甲边缘之外;雌龟尾短，龟尾的长度少于腹甲长度的86%，泄殖腔孔位于背甲边缘之内。
拟鳄龟繁殖时，雄龟经常爬到雌龟背上，起初雌龟鸭动，雄龟滑落下后，又紧迫爬上，如此多次，直至雌龟停止爬动，雄龟后腿蹬地，前爪钩住雌龟的背甲。交尾过程中，雄龟头颈伸直且左右晃动，有时两龟的鼻孔相对。
每年的5-11月份为产卵期，6月份是盛期。此时，雌龟爬上岸边，寻找开阔的陆地，一般离水边200米左右，用爪挖产卵坑，坑为1洞穴，洞口大，洞底小，往下延伸有一定的弯度，洞深10-13厘米，洞口大小因龟体形不同而异。每窝卵有11-83个，通常为20-30个。卵白色，圆球形，外表略粗糙，直径23-33毫米，重7-15克，经55-125天的孵化，稚龟出壳。
孵化环境与后代性别有密切关系。如孵化温度在30℃以上，20℃以下时，稚龟为雌性;当孵化温度在22-28℃时，稚龟为雄性。稚龟重9.5-12克，背甲长24-31毫米，背甲略呈圆形，黑色，每块盾片上有突起物，背甲后缘呈锯齿状。
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