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大鳄龟与小鳄龟的区别主要表现在5个方面：
⒈头部，大鳄的头尖一些，而小鳄龟的头圆一些。大鳄龟上颌似鹰嘴状，钩大；小鳄龟上颌似钩状，但钩较小。大鳄龟能扭头突然袭.击其他动物；小鳄龟能连同身体扭头转向寻找目标，甚至追咬。
⒉嘴部，大鳄龟的嘴部比小鳄龟的要长，舌头为红色的结构，口腔底部有一蠕虫样的附器，常静伏水中，张着嘴，借附器诱食附近鱼类，小鳄龟则没有这些特征。
⒊背甲，大鳄龟的背甲甲峰很明显，而小鳄龟的甲峰则不明显，近乎平背，背甲看起来比较圆。大鳄龟的背甲上有3条凸起的纵走棱脊，褐色，每块盾片均有突起物，腹甲棕色，具上缘盾，小鳄龟的背甲棕黄色或黑褐 色，有3条纵行棱脊，肋盾略隆起，随着时间推移棱脊逐渐磨耗。
4.腹部，大鳄龟的腹部有很多的触须，小鳄龟的腹部仅有少量触须，腹甲灰白色，无上缘盾。
⒌尾部，大鳄龟的尾较长，小鳄龟的尾较短，尾的背面有一锯齿形脊，又称尾棘。
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