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东部锦龟分公母可以从外形看，东部锦龟雄龟具有加长的前爪，和粗长的尾部，而东部锦龟雌龟一般体型较大，前爪较短，尾巴也比较短和细。
东部锦龟背甲的长度为4-10英寸，属小型水龟。其背甲光滑，呈扁平的椭圆形，通常在锦龟的东、南、西三个亚种之中，颜色最深，深褐色接近黑色的，同时是所有北美洲发现的龟类中唯一一种背甲盾板排列成行的。和大多数盾板相互交错排列的龟不同，它前面的椎盾实际上和肋盾排成一行。这种物种特征使得它成为现存龟类中最容易鉴别的一种。
东部锦龟有着清晰的黄色腹甲，头部有黄色条纹，而到身上的其他部位时则变成了大红的条纹。有时在亚种之间的杂交后代中，会出现带有黑色到红棕色的图案，图案的大小和形状不定。雄龟具有加长的前爪，和粗长的尾部。而雌龟一般体型较大，前爪较短，尾巴也比较短和细。
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