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巴西龟分辨公母可以通过爪子和尾巴来确定。首先，巴西龟的公龟前爪会稍微长一些，而母龟则会稍短。其次，也可以通过判断尾巴来分辨，巴西龟的公龟尾巴更粗，比较长。母龟的尾巴则很细，而且相对较短。
此外，比较大的乌龟进行的性别的判断，而比较年幼的乌龟是比较难区分的。有些是用手去抓龟甲，让其悬空，若尾巴朝下就是公的乌龟，这种方法进行实践。也可以通过巴西龟的体重和花纹来进行分辨，巴西龟的母龟成熟后体重一般会在五百克以下，而且腹部的花纹比较稀疏。但公龟的体重则会达到一千克到两千克，并且腹部花纹密集。
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