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巴西龟的公母分辨主要有三点：前爪：公的长，母的短;尾巴：公的粗长，母的短;泄殖孔：公的在肛盾外侧，母的在肛盾内侧。
通常来说，体型小的幼年龟(个体重250克以下)因性未成熟，性别难以鉴定。某些店长在出售幼年巴西龟时，说可以根据腹甲花纹来判断性别，这完全没有科学根据。同年龄的龟，雌性个体体形总是大于雄性个体。常见的巴西龟雄龟个体重达300克，雌龟个体重500克左右性成熟。其他龟类因品种不同而标准也不同。
对于常见的龟，无论水龟还是陆龟，对于其幼年龟，从体形上通常可以通过以下性别特征来鉴定其性别：雌性龟的背甲较短且宽，腹甲平坦中央无凹陷，尾细且短，尾基部细，泄殖孔距腹甲后缘较近，腹甲的2块肛盾形成的缺刻较浅，缺刻角度较大。
雄性龟的背甲较长且窄，腹甲中央略微向内陷，尾粗且长，尾基部粗，泄殖孔距腹甲后缘较远，腹甲的2块肛盾形成的缺刻较深，缺刻角度较小。
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